ESTRÉS OXIDATIVO
INTRODUCTION
Phosphorylation is a key, reversible post-translational modification involved in many protein-protein interactions and signalling cascades. Bioinformatics tools have existed for some time for the prediction of phosphorylation sites from the primary amino acid sequence of proteins. Two of the most popular are NetPhos and Scansite.
Such methods (particularly NetPhos) have a tendency for overprediction, however, and so it is useful to have additional filters for assessing predicted motifs. Loosely speaking, there are three types of information that can be employed:
1. Biological Relevance: There is no substitute for biological knowledge for assessing the results of any bioinformatics prediction. Ideally, this would include experimental evidence but can also include knowledge of relevant sites and pathways of activity etc.
2. Structural Accessibility: Modifications such as phosphorylation involve specific protein-protein interactions. In order to be available for such interactions, sites must obviously be accessible on the surface of proteins and not buried within globular domains etc.
3. Sequence Information: Sequence information is obviously used in the initial prediction of sites and so candidates can be weighted according to the strength of the predictions as determined by the software in question. In addition, because functionally important sites tend to be conserved through evolution, homolgous sequences can be analysed for the same motifs.
Scansite attempts to incorporate all three types of information by (1) identifying putatively interacting enzymes and links to their functions, (2) predicting a measure of surface accessibility, and (3) producing sophisticated ranking of candidate motifs that reflects the strength of their prediction. Other tools, such as the ELM database, try to incorporate Gene Ontology data etc. Neither of these tools incorporates evolutionary data, however. We have worked on a system that incorporates sequences conservation and surface accessibility data with the predictions of NetPhos and Scansite:
1. Predictions are made for the target sequence with NetPhos and Scansite.
2. A dataset of homologous proteins is constructed using in-house tools PIRATE and HAQESAC.
3. Predictions for the homologues with NetPhos and Scansite to look for conservation of motifs, incorporating information on specificity of action with orthology (homology through speciation) and paralogy (homology through gene duplucation) where available.
4. Mapping of conserved motifs to 3D structures from PDB and surface accessiblity data from DSSP, where available.
5. Incorporation of predicted enzyme data from Scansite and any other biological data to refine and rank candidates.
This approach has been applied to Tyrosine Phosphorylation of Human Skeletal Muscle Myosin. (Harney et al, submitted.) This work is not yet published but details will be made available once the work has been accepted. Supplemental data is available here. Although largely a manual process at present, there are plans to automate the analysis and I welcome enquiries by anyone interested in such a tool.
REFERENCES
* Sequence- and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites.
Blom N, Gammeltoft S and Brunak S. (1999) Journal of Molecular Biology 294:1351-1362.
* Scansite 2.0: Proteome-wide prediction of cell signaling interactions using short sequence motifs.
Obenauer JC, Cantley LC and Yaffe MB. (2003) Nucleic Acids Research 31:3635-3641.
* ELM server: a new resource for investigating short functional sites in modular eukaryotic proteins.
Puntervoll P et al. (2003) Nucleic Acids Research31:3625-3630.
* The RCSB Protein Data Bank: a redesigned query system and relational database based on the mmCIF schema.
Deshpande N et al. (2005) Nucleic Acids Research 33:D233-D237.
* Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features.
Kabsch W and Sander C. (1983) Biopolymers 22:2577-2637.
PHOSPHORILACIÓN
Spivak M, Chaufan G. Phosphorilación in vivo e in vitro por proteína quinasa dependiente de cAMP de isoformas de piruvato kinasa de Saccharomyces cerevisiae.
www.imbiomed.com/1/1/articulos.php?
Revista QuímicaViva
Abril 2003, Volúmen 2, Número 1
Qviva 2003 2(1)
Datos Grals. de la Revista
Res. presentados últimas jornadas departamentales
Pseudomonas Aeruginosa aisladas de pacientes quemados y de otros orígenes. Antibiotipos y su relación con exoproductos
Steyerthal N.L., Pregi Nicolás, Marín M, Kovensky J.
ACTH estimula la liberación de fosfatasa alcalina al medio extracelular a través de AMPc y Gi en células adrenocorticales
Martini C.N., Vila M.C..
Actividad antiherpética de pregnanos 19-sustituídos
Petrera E, Joselevich M, Ghini A, Burton G, Coto Celia E.
Actividad de la 11b-Hidroxiesteroide Deshidrogenasa (HSD) adrenal en respuesta al estrés
Zallocchi M, Matkovic L, Damasco M.C..
Actividad virucida de aceites esenciales extraídos de plantas aromáticas de la provincia de San Luis, Argentina
Talarico L.B., García Cybele C, Almeida N, Duschatzky C, Damonte Elsa B.
ALA-D de Mucor ROUXII , Zn es el metal en el sitio activo
Melito V, Batlle A..
Alteraciones moleculares en la peroxidasa tiroidea de un paciente con bocio congénito y cretinismo
Carcagno A, Amadio A, Silber A, García S, Targovnik H, Niepomniszcze H.
Cáncer y estrés oxidativo
Expresión y localización de Hemoxigenasa 1 en tejido prostático humano
Sacca P, Casas G, Celeste F, Batlle A., Mazza Osvaldo, Vazquez E.
Caracterización de la infección persistente del virus Junín en células BHK-21
Ellenberg P, Scolaro L.A..
Caracterización molecular de cepas de Yersinia enterocolitica, biotipo 1A, aisladas de aguas cloacales de la ciudad de Buenos Aires
Floccari M.E., Neubauer H, Gómez S.M., Lordi C, Parada J.L..
Crecimiento de las raíces de Jazminum mensyi en función del peso de la estaca y de los brotes
Parte II
Divo de Sesar M, Domato V, Vilella F, Stella A.M..
Daño hepático y estrés oxidativo inducido por griseofulvina
Martínez M.C., Alfonso S., Rouvier Garay V., Batlle A..
Descondensación nuclear de espermatozoides humanos:
el ácido hialurónico presente en el fluido folicular como posible potenciador de la actividad descondensante de la heparina
Baldini C, Romanato M, Calvo Juan Carlos, Calvo L.
Detección de mutaciones en enfermedades hereditarias
Boncagni N, Carcagno A.
Efecto de brassinosteroides obtenidos por síntesis química sobre el desarrollo de la queratitis herpética murina.
Alché L, Pifarré P, Berra A, Wachsman M.B., Ramírez J, Galagovsky Lydia R.
Efecto de la cecropina A, péptido catiónico natural, sobre la multiplicación del virus Junín en células vero
Albiol Metanic V.C., Castilla V.
Efecto del Hexaclorobenceno sobre la actividad uroporfirinogeno decarboxilasa de Chlorella Kessleri
Minetto M.J., Juárez A.
Efecto protector de la bilirrubina frente al estrés oxidativo generado por el ácido 5-Aminolevulico
Noriega G, Tomaro M.L., Batlle A..
Efecto protector de los antioxidantes en células vero infectadas con el virus de la estomatitis vesicular (VSV)
Riva D, Gadaleta P, Ríos de Molina María del Carmen, Coulombié F, Mersich S.
Efectos del Hexaclorobenceno sobre la oxidación del Ácido Araquidónico y el Uroporfirinógeno vía Citocromo P450
Fuentes F, Billi S.C., San Martín de Viale Leonor.
Efectos neuroquímicos del ácido d-AMINOLEVULICO
Rodríguez J.A., Fossati M, Azcurra J, Batlle A., Buzaleh A.M..
El mecanismo de muerte celular inducido por el virus de la estomatitis vesicular en cultivos celulares
Gadaleta P.
El sitio activo de la uroporfirinogeno decarboxilasa y la accion del Hexacloro Benceno sobre él.
Chaufan G, Corvi M, Aldonatti Carmen, San Martín de Viale Leonor, Cárdenas M.L., Ríos de Molina María del Carmen.
Ensayo in situ de la proteina quinasa a como una medida del estado de activación endogena
Portela P, Jacobo P, Moreno Silvia M..
Estrés oxidativo y peroxidación lipídica, en respuesta a metales pesados, en Euglena gracilis
Rocchetta Iara, Ruiz L, Conforti Visitación, Ríos de Molina María del Carmen.
Estrés por metales en Biomphalaria Glabrata
Empleo de los niveles de glucogeno como parametro biomarcador
Holmes Brown E, Matkovic L, Nahabedian D.E., Verrengia Guerrero N.R., Wider E.A..
Estudio comparativo de algunos biomarcadores enzimáticos en dos especies de lombrices del compost.
Casabé N, Oneto M.L., Fuchs J., Kesten E..
Estudio de la actividad antiherpética de fucoidanos extraídos del alga parda Adenocystis utricularis
Pujol C.A., Ponce N.M.A., Flores M.L., Stortz C.A., Damonte Elsa B.
Estudio sobre especies reactivas del oxígeno y hormona tiroidea:
modelo in vitro
Guerra L.N., Basso M.F., Moiguer Silvia, Karner Mirta, Burdman J.A., Ríos de Molina María del Carmen.
Estudios de relación estructura-actividad de distintos Brassinosteroides obtenidos por síntesis química frente a los Virus Herpes Simplex tipo 1 y tipo 2
Talarico L.B., Ramírez J, Galagovsky Lydia R, Wachsman M.B..
Expresión de RpoS en cultivos hambreados en carbono de Pseudomonas oleovorans
Ruiz J.A., López Nancy I, Méndez B.S..
Hematina:
Un subproducto natural estabilizado como una droga 'huerfana' en Argentina.
Mantilero E.M.V., Tomio J.M., Murature D.A., Mazzieri M.R..
Homocisteinemia:
reevaluación del valor de corte
Quintana I., Castañón M.M., Lauricella A.M., Murúa A, Kordich L.C..
Inducción in vivo de iNOS en vasos sanguíneos murinos por accion de AGES
Ortalli L, Zanaro N.I., Sassetti B.
Interferencia del aluminio con el metabolismo del hierro
Estudio de receptores involucrados
Pérez Gladys, Pregi Nicolás, Vittori Daniela, Garbossa Graciela, Nesse Alcira.
La expresion de la permeasa Uga4p responde a Ssy1p, un sensor de aminoacidos en Saccharomyces cerevisiae.
Bermúdez Moretti M, Perullini A.M., Batlle A., Correa García S.
La localización subcelular de P8 es dependiente de la densidad celular
Valacco M.P., Varone C.L., Cánepa Eduardo T, Iovanna J.L., Moreno Silvia M..
La proteína de matriz del virus de la estomatitis vesicular estaría implicada en la inducción de apoptosis de cultivos celulares
Gadaleta P, Romorini L, Vacotto M, Mersich S, Coulombié F.
La región regulatoria del operón PHB de Azotobacter SP. FA8 se encuentra dentro de una estructura tipo transposón
Pettinari Julia, Chaneton L, Vázquez G, Steinbüchel A, Méndez B.S..
La señalización y la secreción estimuladas por VIP están disminuidas en glándulas salivales de ratones NOD
Rosignoli F, Roca V, Rojas F, Pérez Leiros Claudia.
Las etapas tempranas de la maduración intratímica están alteradas en las ratas que se recuperan de una desnutrición durante la lactancia
Feledi C, Goldman H.L., Franco L.G., Massouh E.J..
Mecanismo de acción virucida del disulfuro NSC20625 contra los arenavirus
García Cybele C, Candurra N.A., Damonte Elsa B.
Modelo in vitro de hipertiroidismo humano
Domínguez G, Guerra L.N..
Modelo de Porfiria Aguda Hepática. Estudios sobre el metabolismo del glucógeno y el transporte de glucosa en respuesta a la dosis de las drogas porfirinogénicas
Lelli S.M., Mazzetti M.B., San Martín de Viale Leonor.
Modificación de la respuesta a Eritropoyetina en células dependientes y no dependientes de la hormona
Vittori Daniela, Pregi Nicolás, Pérez Gladys, Garbossa Graciela, Nesse Alcira.
Multiplicación del virus junín en células epiteliales
Cordo S.M., Cesio y Acuña M, Candurra N.A..
Ontogenia de enzimas del camino del hemo en embriones de pollo:
ALA-D Y PBG-D
Pauza N.L., Sopena de Kracoff Y, Ferramola de Sancovich A.M., Sancovich H.A..
Ontogenia de uroporfirinógeno decarboxilasa y coproporfirinó geno oxidasa en embriones de pollo
Pauza N.L., Godar L, Sopena de Kracoff Y, Ferramola de Sancovich A.M., Sancovich H.A..
Papel de la heparina en la descondensación nuclear de espermatozoides humanos in vitro
Romanato M, Baldini C, Calvo Juan Carlos, Calvo L.
Parámetros de estrés oxidativo en ratas intoxicadas con Hexaclorobenceno (HCB)
Lelli S.M., Mazzetti M.B., San Martín de Viale Leonor.
pH óptimo de la Uroporfirinogeno Decarboxilasa de sistema digestivo de lapas antarticas
Spivak M, Chaufan G.
Phosphorilación in vivo e in vitro por proteina quinasa dependiente de cAMP de isoformas de piruvato kinasa de Saccharomyces cerevisiae
Portela P, Howell S, Moreno Silvia M., Rossi S.
Porfiria Dual (PCT/PV) en una familia con sintomatología cutánea
Melito V, Parera V, Batlle A..
Potenciales usos de cultivos monoalgales de Chlorella Kessleri
Juárez A, Aldonatti Carmen, Ríos de Molina María del Carmen.
Presencia de elementos de respuesta a hormonas esteroides en la región promotora del gen BCL-X de ratón
Rocha Viegas L, Vicent G.P., Barañao J. Lino, Beato M, Pecci A.
Proteina p53, Tiroglobulina, receptor TSH y actividad telomerasa en tumor de tiroides humano
Guerra L.N., Katz L, Galliano S, Stella I, Cueva F, Moiguer Silvia, Karner Mirta, et al .
Protoporfiria eritropoyética. Polimorfismos y herencia en pacientes argentinos
Parera V, Koole R, Minderman G, Rossetti M.V., Batlle A., de Rooij F.W.M..
Purificación parcial de la Uroporfirinogeno Decarboxilasa (UrodD) de higado de rata
Dottore A , Ríos de Molina María del Carmen.
Regulacion de la actividad de la 11b-Hidroxiesteroide deshidrogenasa 2 por 5-Hidroxi Triptamina
Zallocchi M, Matkovic L, Lantos C.P., Damasco M.C..
Regulación de la expresión génica de la 5-Aminolevulinato Sintetasa (ALAS) por insulina y factores nucleares hepáticos 3
Scassa M.E., Ceruti J.M., Cánepa Eduardo T.
Relación entre niveles de T3 sérica y de Malondialdehído sérico y urinario en pacientes hipertiroideos
Moiguer Silvia, Guerra L.N., Ríos de Molina María del Carmen, Karner Mirta, Burdman J.A..
Respuesta de Cyanobacteria al estrés por niquel y zinc
Parte II
Storni de Cano M.M., Stella A.M., Zaccaro M.C., Zulpa de Caire G.
Rol del sistema proteolítico en la adaptación a alta sal de Lactobacillus Casei ATCC393
Piuri M, Sanchez Rivas M, Ruzal S.M..
Susceptibilidad del virus influenza tipo A a la meliacina, un principio antiviral presente en hojas de Melia Azedarach L
Bercovich N, Pontoriero A, Savy Vilma, Coto Celia E, Alché L.
Terapia fotodinámica de tumores: estudio comparativo de la acumulación de porfirinas administrando ácido 5-aminolevúlico y el derivado Hexil Ester por distintas vías
Fukuda H, Perotti C, Casas A, Di Venosa G, Batlle A..
Ultraestructura de MUCOR ROUXII:
cAMP y citoesqueleto de actina
Pereyra E, Ingerfeld M, Andrews N, Jackson S, Moreno Silvia M..
Un análogo sintético de un brassinoesteroide natural con actividad antiviral frente al virus junín es un potente inhibidor de la síntesis de ARN
Aguirre Sgalippa N, Castilla V, Galagovsky Lydia R, Coto Celia E.
Una nueva mutación en Porfiria aguda intermitente
Molina Campos E, Carcagno A, Ríos de Molina María del Carmen, Tomio J.M..
Variante termolabil de la metilentetrahidrofolato-reductasa (MTHFR):
¿Factor de riesgo trombótico?
Castañón M.M., Genoud V., Gamba C., Quintana I..
Variantes de herpes simplex tipo 1 aisladas en presencia de un carragenano natural con actividad antiviral
Carlucci M.J., Scolaro L.A., Damonte Elsa B.
yrfF (mucM) es un gen esencial para cepas de Salmonella entérica con RCSB funcional
Costa C.S., Pettinari Julia, Méndez B.S., Antón D.N..
“Control hormonal de la expresión de genes involucrados en apoptosis”
Pecci A.
